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LAMMPS相关文件功能简介

时间:2012-11-08 00:44来源:知行网www.zhixing123.cn 编辑:麦田守望者

这篇文章是为初学LAMMPS的同学准备的,让你了解与LAMMPS相关的文件及其作用,具体的介绍会在其他博文中进行。

整体上来说,与LAMMPS相关的文件可以分为用于输入到LAMMPS的文件从LAMMPS输出的文件,下面分别介绍。

 

输入到LAMMPS的文件

(这里没有直接叫“输入文件”,是因为有一个专门的文件叫做输入文件。)

主要包括三类,分别是输入脚本(input script),数据文件(data file)和重启动(restart)文件。

1. 输入脚本

input script,文本文件,必须。

不少人习惯直接叫它“输入文件”,我为了区别“输入的文件”,采用直译叫法“输入脚本”。又因为习惯使用 in. 作为这个文件的前缀,所以也常常被称作“in文件”。

既然被称为script,自然是因为里面包含了很多LAMMPS的命令。LAMMPS运行的过程就是一行一行执行这个文件中的命令的过程,命令执行完了,LAMMPS的运行也就结束了。因此,我们在使用LAMMPS进行计算模拟的时候,一个很重要的前提和核心就是提供可执行的正确的输入文件。

具体如何写LAMMPS输入文件,是一个很大的问题,我会在以后将我自己的经验(虽然不是很多)慢慢介绍给大家。

2. 数据文件

data file,文本文件,非必须。

我们知道要进行一个模拟计算,必须有一个初始构型,那么这个数据文件( data file )就是用来存放要模拟体系的初始构型的。简单一点的,里面就包含原子的坐标信息;复杂一点,里面会包含键长、键角等信息。

之所以它是一个非必须文件,是因为一些简单的初始构型,如FCC等,可以直接使用LAMMPS提供的命令进行创建。一般,只有当模型比较复杂时,才会使用这个文件。

3. 重启动文件

restart,二进制文件,非必须。

顾名思义这个文件是用于重启动一个计算,这对于减少重复计算会有很大的帮助。

刚开始接触可能有点难理解,我举个例子说明下。

比如要运行一个由A-B-C三段组成的计算任务,B是以A最终状态为初态开始,C是以B的最终状态为初态开始,那么我就可以在A计算结束后写一个restart文件,在运行B的时候读入;在B结束的时候再写一个restart文件,在运行C的时候读入。这样做,可以保证你在要重新进行B的计算时,不需要重复计算A;重新计算C的时候,可以不用重复计算A-B。

 

从LAMMPS输出的文件

主要包括日志(log)文件,结构文件,重启动(restart)文件和任意文本文件。

默认情况下,日志文件是一定会输出的,其他的都是有输入脚本文件中的命令决定是否输出的。

1. 日志文件

log:LAMMPS在运行过程中,默认会产生日志文件,用于记录命令执行的情况。默认文件名为log.lammps。

2. 结构文件

LAMMPS可以输出多种不同类型的结构文件,用于记录某一时刻体系的构型(在LAMMPS里叫做snapshot,即“快照”),但都是使用同一个dump命令输出。

主要的结构文件类型包括cfg格式,xyz格式,lammps格式,图像格式等。

3. 重启动文件

restart:与前面提到的输入文件一样。实际上,只有先使用命令产生restart文件,才有可能有前面的输入,也就是所谓的“重启动”。

4. 任意文本文件

LAMMPS中有几个命令可以实现将模拟中定义的某些变量以一定的格式输出到文件。因为这类文件格式相对自由,所以我称这类文件为任意文本文件。

据我总结,LAMMPS中相关的文件应就是这些吧。

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